县卫生健康局下设8个内设机构。
(一）综合办公室
负责局机关综合协调和日常管理工作，拟定及督促落实局机关各项工作制度；负责起草领导重要讲话等综合性文稿；负责重大事项的督查督办和组织重要会议；负责机关文电处理、机要保密、档案管理、安全保卫及后勤保障工作；负责全县卫生健康系统事业单位岗位设置和专业技术人员资格报名考试工作；负责系统内专业技术人员职称评审、聘任、考核工作；负责督查落实卫生健康系统和局机关重点工作目标责任制完成情况；负责全系统下属及挂靠事业单位年度目标责任书完成情况的考核统计工作；负责局机关网络媒体建设工作。
组织开展卫生健康宣传、健康扶贫、健康教育、健康促进活动，承担卫生健康科学普及、新闻和信息发布工作。拟订全县卫生健康宣传教育工作规划，组织开展全民性宣传教育工作。组织拟订全县卫生健康人才发展规划，贯彻落实国家、省、州、县各项培训工作，制定县卫生健康系统年度培训计划。负责釆集、审核、汇总、上报有关卫生健康信息数据，并按有关规定发布相关卫生健康信息通报;负责全县卫生健康监督信息化建设与管理工作；负责全系统信息釆集、政务专网和全员人口管理系统建设工作。
(二）财务股
负责局机关及下属各单位财务工作的管理、监督和内审， 做好系统内部的财务报表的决算和年报编审以及部门预算、国 有资产、设备、行政事业性收费管理等工作；负责全县医用耗材和器械集中统一招标釆购管理和大型设备釆购审核批复；负责提出医疗服务价格、基本医疗保险费用结算等政策建议；负责卫生健康系统职工工资正常晋升和职务晋升的审核上报工作；负责管理卫生健康系统专项经费，协调县财政、州卫生健康部门及时拔付专项经费，并按照资金的使用要求完成经费的预算、执行、监督工作。
负责编制全县卫生健康项目建设整体规划；负责制订卫生 健康项目管理工作制度，建立健全项目管理的体系；组织、指导全县卫生健康项目建设的实施，并提供项目管理咨询服务； 负责卫生健康项目申报、前期准备和资料收集工作；加强项目 建设资金、工程进度、技术质量和安全生产管理，完成并提供项目进展报告和督导报告；协调相关部门进行卫生健康项目工 程的竣工验收和评估。
(三）医政股
负责医疗卫生机构的发展规划、设置审批、执业登记、变更和注销工作；负责医师执业考试报名和医护人员注册工作；负责医院管理及医疗机构准入；制定实施卫生计生人才发展规划和培训计划，组织医疗卫生单位专业技术人员进修工作；指导协调医疗卫生学术团体的工作，组织协调拟定地方性法规、技术规范和标准；负责医疗广告的审核。调解处理医患纠纷，引导群众及患者合理维护权益；负责指导医患纠纷第三方调处工作。负责法律、法规和规章规定由县卫生健康局承担的行政审批事项的统一受理、审批和批件、证书的统一发放工作；负责组织、指导、监督、考核“卫生健康窗口”的行政审批工作；负责协调、管理、督办各业务科室对行政审批事项的后台支持工作。
全县公共场所卫生、职业卫生、环境卫生、生活饮水卫生、放射卫生、学校卫生工作的监督管理，承办涉及食品安全方面的有关事项。全县卫生应急工作，指导、协调突发公共卫生事件的预防准备、监测预警、处置救援、信息授权发布、总结评估等工作。打击非法行医、非法医疗广告、非法医学鉴定、非法终止妊娠、非法代孕等违法违规行为，综合治理人口性别比。负责县域卫生信息平台管理工作。
贯彻执行《药品管理法》及有关法律、法规，建立健全本系统药品管理制度，确保药品质量安全、有效。负责对药品供应链的监督管理，负责全系统基本药物采购和供应。加强药品管理，对毒、麻、精、放药品按照相关规章制度进行监督管理。实行全面质量安全管理，认真落实有关药品质量安全目标。加强党政廉政建设，严格执行药品招标、选标制度。做好单位放管服相关工作。
(四）中医股
负责贯彻执行有关中医药工作的法律、法规和规章，制定并组织实施中医药发展规划；负责中医医疗、预防、保健、康复等监督管理工作；组织实施中医专业技术人员的考试、考核、资格审查、注册登记；负责中医药师承教育、继续教育和相关人才培训工作；负责中医诊疗设备、中医药物资分配及管理工作；组织、协调、指导中医药学术交流与合作工作；负责协调中药产业发展相关工作。
(五）基层卫生健康与家庭发展股
负责拟定全县农村卫生和社区卫生政策、规划、措施并组织实施；指导推进全县基层卫生服务体系建设和乡村医生管理工作；负责全县基本公共卫生服务均等化工作；负责督查居民健康档案的更新和归档工作；负责指导全县健康教育工作。
承担人口监测预警工作并提出人口与家庭发展相关政策建议，组织实施生育政策，督促落实计划生育特殊家庭扶助制度。指导基层计划生育基础管理和服务工作；拟订全县计划生育目标管理方案并组织考核、评估；组织全县人口与经济、社会、资源、环境可持续发展研究，负责检查、指导、督促、落实家庭计划生育发展规划方面的各项具体工作。
负责贯彻执行有关卫生健康政策和法规；负责卫生健康行政复议和行政案件的应诉工作；督促检查贯彻执行有关法规的重大案件和恶性案件；协调有关部门做好出生人口性别比的治理工作;具体负责有关卫生健康政策、法规、规章的解释与咨询工作；负责全县农业非农业再生育指标的审批工作；负责全县病残儿医学鉴定材料审核上报工作；负责受理群众来信来访，及时处理上访事宜；负责卫生健康普法工作，组织宣传卫生健康法律法规和政策规定。
（六）健康扶贫办
负责制定健康扶贫工作实施方案和具体工作计划,统一协调有关职能股室落实各类健康扶贫政策，明确工作内容,组织实施,及时汇总和分析各类数据资料;按时按要求完成好健康扶贫工作;运用组织、管理、协调、指挥、监督的职能,积极稳妥地推进健康扶贫工作。
（七）疾病预防与妇幼保健股
负责拟定全县妇幼卫生政策、规划、措施并组织实施，负责组织实施《母婴保健法》配套法规、规章和规范，依法对妇幼保健机构实施监督管理，负责拟订妇幼卫生地方标准；牵头组织预防和减少出生缺陷与先天残疾工作；制定妇幼保健、技术服务和信息系统规范并组织实施。负责拟订并组织实施传染病、地方病、慢性非传染性疾病的防治规划；组织对重大传染病、地方病的综合防治；组织实施国家计划免疫工作；承担指导法定传染病疫情信息报告工作； 拟订卫生应急和紧急医学救援规划、制度、预案和措施；指导突发公共卫生事件的预防准备、监测预警、处置救援、分析评估等卫生应急工作；负责应急救援物资储备和应急演练工作；负责组织指导对突发公共卫生事件和其他突发事件实施预防控 制和紧急医学救援；负责对重大灾害、恐怖、中毒事件及辐射事故等组织实施紧急医学救援。
负责落实指导全县规划免疫及地方病、职业病、传染病、慢性病、精神病防控管理等疾病预防控制工作。组织实施全县妇幼卫生和计划生育技术服务政策、规划、技术标准和规范，推进服务体系建设，负责优生促进工程和母亲健康工程的组织实施。公共卫生、医疗卫生、计划生育综合监督执法工作，负责全系统依法行政、普法教育、健康教育、环境保护、爱国卫生等工作。
（八）老龄健康办公室
协调和推动有关部门实施老龄事业发展规划；做好维护老年人合法权益的保障工作；组织开展全县干部保健工作；落实老年人优待政策，开展有利于老年人身心健康的各种活动；指导、督促和检查各镇办的老龄工作。宣传老年法律法规、开展老龄工作先进典型和孝亲敬老先进典型评选活动，教育和引导公民知法、懂法、守法，维护老年人的合法利益。依法监督检查工矿商贸作业场所职业卫生情况，组织查处职业危害违法违规行为；承担职业卫生安全许可证的申领审查和颁发管理工作；组织指导并监督检查有关职业安全培训工作；组织指导职业危害申报及信息统计工作；参与职业危害事故调查处理和应急救援工作。