（一）综合办公室。
负责机关日常运转；承担财务、信息、保密、机要、档案、办公自动化管理、政务公开、督查督办、后勤保障、信访、接待等工作。组织编制全县自然资源发展战略、中长期规划和年度计划工作；拟订和实施自然资源科技发展战略、规划、计划；负责科技成果管理和科技奖励相关工作，指导科技成果推广转化。组织协调推进自然资源领域综合性改革有关工作；开展重大问题调查研究，负责起草局重要文件文稿；承担综合统计和局内专业统计归口管理。负责机关党组和直属单位党的建设及纪检监察工作，负责机关和直属单位工会、共青团、妇联等群团组织工作。
承担局机关和直属单位的干部人事管理、机构编制、工资晋升、职称评审、干部教育培训、科技人才队伍建设等工作。
（二）国土空间规划和管制办公室
拟订国土空间规划相关政策，建立全县国土空间规划体系；组织编制全县国土空间规划和相关专项规划；组织编制主体功能区规划并协调实施和进行检测评估；承担报省政府、州政府审批的国土空间规划的初步审核、报批工作；开展国土空间开发适应性评价；承担县规划委员会办公室日常工作；负责全县国土空间规划和相关专项规划实施等情况的监督工作；监督全县生态保护红线、永久基本农田、城镇开发边界等重要控制线的实施情况；建立国土空间规划和相关专项规划实施情况的监测、评估和预警体系；对违反国土空间规划和相关专项规划行为提出整改、处理意见，协调处理规划管理重大风险和问题。拟订林业和草原的发展战略、规划并监督实施。
拟订全县全民所有自然资源资产管理政策，建立全民所有自然资源资产统计制度；组织实施全县自然资源资产价值评估和资产核算工作；编制全民所有自然资源资产负债表，拟订相关考核标准并组织实施；组织实施全民所有自然资源资产划拨、出让、租赁、作价出资政策；拟订国有土地收购储备政策。拟订全县国土空间用途管制制度规范和技术标准；拟订土地年度利用计划并组织实施；组织拟订耕地、林地、草地、湿地等国土空间用途转用政策，承担重大建设项目用地预审工作；承担报国务院、省政府、州政府审批的各类土地用途转用的审核、报批工作；开展国土空间用途管制制度建设并监督实施。拟订自然资源资产有偿使用制度并监督实施；指导建立自然资源市场交易规则和自然资源市场交易平台，组织开展自然资源市场调控；负责自然资源市场动态监测和监管，建立自然资源市场信用体系；建立政府公示自然资源价格体系，组织开展自然资源分等定级价格评估；拟订自然资源节约集约利用政策和考核评价标准，指导全县节约集约利用工作；拟订自然资源开发利用标准并监督实施；承担放管服改革相关工作任务。
负责核发各类建设项目的《建设项目选址意见书》、《建设用地规划许可证》、《建设工程规划许可证》、《临时建设工程规划许可证》、《乡村建设规划许可证》和《建设工程竣工规划验收合格书》。负责县上规划许可建设工程的规划放验线。负责县上规划许可建设项目的规划竣工验收。负责全县各类跨行政区域建设项目选址意见书的办理或初审。组织审查积石山县范围内的大型建设项目；组织审查全县建筑高度小于60米或18层以下）（含18层）住宅建设工程规划设计方案，州上下达除需州审查外的县列重大项目和其它大型项目建筑设计方案。 （三）自然资源测绘调查监测和确权登记办公室。
按照自然资源调查监测评价的指标体系和统计标准，建立自然资源定期调查监测评价制度。组织实施全县自然资源基础调查、变更调查、动态监测和分析评价。开展水、森林、草原、湿地资源和地理国情等专项调查监测评价工作。承担自然资源调查监测评价成果的质量检验、汇交、管理、维护、发布、共享和利用监督。承担森林、草原资源动态监测与评价工作。
组织落实各类自然资源和不动产统一确权登记、权籍调查、不动产测绘、争议调处、成果应用的制度、标准、规范；承担指导监督全县自然资源和不动产确权登记工作；建立健全全县自然资源和不动产登记信息管理基础平台，管理登记资料；负责政府确定的重点国有林区、县级机关不动产确权登记发证等专项登记工作。
拟订全县基础测绘规划、计划并监督实施；监督管理测绘活动、质量；负责测绘资质、资格管理。拟订地理信息安全保密政策并监督实施；负责地理信息成果管理和测量标志保护；审核重要地理信息数据；监督互联网地图服务；组织开展国家版图意识宣传教育；组织、指导应急测绘保障工作。
（四）国土空间生态修复办公室。
承担国土空间生态修复政策研究工作；拟订国土空间生态修复规划并组织实施；组织实施有关生态修复重大工程，承担国土空间综合整治、土地整理复垦等工作；承担生态保护补偿相关工作。 拟订并监督实施耕地保护有关政策；组织实施耕地保护责任目标考核和永久基本农田特殊保护；承担耕地占补平衡管理工作；承担土地征收征用管理工作；负责耕地保护政策与林地、草地、湿地等土地资源保护政策的衔接。
负责起草国土绿化重大方针政策，综合管理林业、草原
重点生态保护修复工程，指导植树造林、封山育林，种草等生物措施防治水土流失工作。承担古树名木保护、林业应对气候变化相关工作。指导监督林木凭证采伐、运输。负责全想林业、草原行政执法监督管理，协调行政执法中的重大问题，督察、督办重大行政案件。
组织编写年度作业设计，负责退耕还林还草工程实施技术指导、检查验收、监督退耕还林种苗供应和退耕还林还草政策兑现工作，负责退耕还林还草工程中违法违纪及信访案件调查、核查；负责退耕还林还草工程档案建立和日常管理；负责退耕还林还草法规、政策宣传和统计、报告等日常工作；协助做好退耕还林还草地的确权发证工作。
组织实施湿地生态修复、生态补偿工作，管理国家重要湿地，监督管理湿地的开发利用，负责履行国际湿地公约。组织实施自然保护地生态修复工作。负责公益林生态效益补偿、草原生态补偿，政策兑现及监督管理工作。
（五）自然资源管理监督和地质灾害防治办公室。
拟订并监督实施耕地保护有关政策。负责永久基本农田划定、占用和补划的监督管理。组织实施耕地保护责任目标考核和永久基本农田特殊保护。承担耕地占补平衡管理工作。承担土地征收征用管理工作。负责耕地保护政策与林地、草地、湿地等土地资源保护政策的衔接。
负责管理全县地质勘查行业和地质工作；承担全县矿产资源保护开发利用职责；拟订矿业权管理政策并组织实施，管理省州级授权由县级自然资源主管部门审批的矿产资源矿业权的出让及审批登记发证；承办并调处重大矿业权权属纠纷；监督指导矿产资源合理利用和保护；承担矿产资源储量评审、备案、登记、统计和信息发布，负责全县矿产资源储量数据库建设；负责审核上报压覆矿产资源工作，实施矿山储量动态管理；监督管理古生物化石。
指导林业、草原有害生物防治、检疫和预测预报。负责林业、草原产业开发、安全生产管理相应工作。承担县绿化委员会日常工作。
拟订全县森林、草原保护发展的政策措施，编制全县森林采伐限额。监督实施森林经营规划和森林经营方案。指导监督林木凭证采伐、运输。承担森林、草原资源动态监测与评价工作。指导基层林业、草原工作站的建设和管理。
负责森林和草原火灾预防管理工作，组织编制森林和草原火灾防治规划并指导实施，指导开展防火巡护、火源管理、防火设施建设等工作，组织指导国有林场、林区和草原开展宣传教育、监测预警、督促检查等防火工作。
监督管理自然保护区、自然遗产、地质公园、森林公园、风景名胜等各级自然保护地，提出全县各级自然保护地的新建、调整及晋升、审核建议并按程序报批。
指导国有林场基本建设和发展。承担林木种子、草种管理工作，组织种质资源普查、收集、评价、利用和种质资源库建设。组织良种选育、审定、示范、推广。指导良种基地、保障性苗圃建设。监督管理林木种苗、草种质量和生产经营行为。
编制地质灾害防治规划和相关专项规划并监督检查执行情况；承担地质灾害的预防和治理工作。监督管理地下水过量开采及引发的地面沉降等地质问题和矿山地质环境的恢复治理工作；监督管理地下水过量开采及引发的地面沉降等地质问题。负责地质灾害危险性评估和地质灾害防治工程单位的资质管理，组织地质灾害隐患排查、监测预警和地质灾害防治工程的实施。
承担自然资源领域地方性管理办法和县政府规章草案起草工作；承担有关规范性文件合法性审查，组织开展自然资源法规规章及规范性文件的清理、部门规章执行情况的检查；组织开展法治宣传教育；开展重大执法决定法制审核，负责全县土地矿产卫片执法检查工作；监督检查土地、矿产、林业、草原、测绘等自然资源领域有关法律法规的执行情况；承担行政复议工作，组织协调行政应诉工作。